那么，使用生物菌肥后如何保證它們處于活體狀態呢？需要從以下幾個方面來做。
1、對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不撒施，用噴霧的方法效果更明顯。
2、施用菌肥的最佳溫度是25℃～37℃，低于5℃或高于45℃，使用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。
3、不可將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合施用，因為這些很容易殺死生物菌�？上仁┚�，隔2－3天后，再用其它產品。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合用。對未腐熟農家肥也不要混合使用。
4、對于多年一直施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應。所以取代量應做到第一年30%、第二年40%、第三年60% 的取代，磷、鉀肥只能補足，且不能減少使用。
5、菌肥不是速效型肥料，要在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7～10天施用，效果最理想。