化肥的缺點
1、化肥中不含有機質、腐殖酸，土壤團粒結構會遭到破壞，會造成土壤板結，農作物產量降底。
2、化肥易揮發流失、利用率低。氮肥利用率只有30%-50%，磷肥的利用率10%-25%，鉀的利用率只有50%左右。
3、由于化肥成分單一，長期使用會使作物營養失調，缺乏許多中微量元素，導致作物內部轉化合成受阻，而造成蔬菜瓜果品質大大下降。
4、大量施用化肥，會使蔬菜中硝酸鹽含量超標，導致亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質，危害人體健康等。
5、化肥的大量使用還會造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6、化肥長期使用，會造成土壤中一些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環境的污染。
7、越使用化肥，地力就越下降，從而導致人們加量使用造成惡性循環。
生物菌肥料的優點
1、能使有益菌的大量繁殖，抑制了其他有害菌的存活。不但快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，起到疏松土壤，保水、保肥、及土壤的透氣性，還可以分解土壤里面的農藥殘留，避免下茬作物產生藥害。另外還會分解植物生長過程通過根系排放的有害物質。
2、固氮的同時能夠部分利用空氣中的氮，通過有益菌生長代謝產生相應的酶和酸，可分解土壤中難溶性的磷、鉀，可以大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。＇
3、能夠促使土壤中微量元素的釋放，被作物吸收利用，從而提高果實的品質。
4、灌根可抑制土壤中的病菌，達到生物防治病害的效果，噴到葉面還可以增肥。
5、促進作物早熟和延長采收期。由于土壤理化性質得到改善，土壤養分豐富且平衡，土壤中肥料能夠更好的被作物很好的吸收，因此能夠促進作物早熟和延長采收期。
6、混合有機肥使用，能夠持效改良土壤，2-3年可以使土壤完全達到有機作物的標準。而且
生物菌肥里面的有益菌可以在植物根系周圍不斷的繁殖代謝，從而可以持續的向作物提供營養。 快速分解有機物質被作物吸收，從而改變了單用有機肥產量低、料肥效慢的特點。